【2026年第20回公募】持続化補助金＜通常枠＞を徹底解説！（第2回：最大250万円！インボイス＆賃上げ特例編）

当事務所のコラムをご覧いただきありがとうございます。行政書士オフィス・プラスワンの久保亮平です。

小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞の解説コラム、第2回となる今回は、基本の補助上限額50万円を最大250万円まで大幅に引き上げる「2つの特例」について解説します。

非常に魅力的な制度ですが、実は「要件を満たせなかった場合、補助金が全額ゼロになる」という厳しいペナルティ（リスク）も潜んでいます。自社が安全に要件をクリアできるか、しっかり確認していきましょう。

1. 補助上限が＋50万円！「インボイス特例」

免税事業者から適格請求書発行事業者（インボイス発行事業者）へ転換する事業者などを支援する特例です。適用されると、補助上限額に一律50万円が上乗せされます。

【適用要件】 補助事業の終了時点で「適格請求書発行事業者」の登録を受けており、かつ以下の①または②のいずれかに当てはまることが必要です。

• ① 2021年9月30日から2023年9月30日の属する課税期間で一度でも免税事業者であった事業者
• ② 2023年10月1日以降に創業した事業者

【注意点】 過去に持続化補助金で「インボイス特例」を活用して事業を実施した事業者や、「インボイス枠」で採択を受けて事業を実施した事業者は、本特例の申請対象外となります。

2. 補助上限が＋150万円！「賃金引上げ特例」

従業員の賃上げに意欲的な事業者を支援する特例で、適用されると補助上限額に150万円が上乗せされます。

【適用要件】 2027年4月1日から補助事業実施期限日（2028年3月31日）までの期間と前年同月の12か月を比較し、従業員1人あたりの給与支給総額を年平均「3.0%以上」増加させることが必要です。

• 対象となる従業員：非常勤を含みますが、代表者、役員、専従者は含めません。パートタイム従業員は正社員の就業時間に換算して人数を算出します。
• 手続き：申請者自身で目標値（3.0%以上増）を設定し、交付申請時までに全従業員または従業員代表者、役員に対して表明したうえで、実績報告時に達成していることが求められます。

💡 赤字事業者にはさらなる優遇（補助率アップ）があります！ 直近1期または直近1年間の課税所得金額がゼロ以下の「赤字事業者」がこの特例に取り組む場合、優先採択（赤字賃上げ加点）が適用されるだけでなく、補助率が通常の「2/3」から「3/4」へ引き上がります（インボイス特例の上乗せ部分も含みます）。

3. 【超重要】特例を利用する際のリスク（オール・オア・ナッシング）

インボイス特例と賃金引上げ特例の両方を満たす場合、合計200万円が上乗せされ、補助上限額は最大250万円となります。

しかし、特例を希望して申請した場合、終了時点で1つでも要件を満たせないと、特例の上乗せ部分だけでなく「補助金全体が交付対象外（0円）」となってしまいます。

さらに、賃金引上げ特例で申請したにも関わらず要件を達成できなかった場合、原則としてその後18ヵ月間、他の中小企業庁所管の補助金（ものづくり補助金やIT導入補助金など）への申請時に大幅な減点ペナルティが課されます。

いかがでしたでしょうか。特例を活用すれば大きな資金調達が可能になりますが、「確実にインボイス登録を完了できるか」「賃上げの原資は確保できるか」を事前に慎重にシミュレーションする必要があります。

「自社は特例を使うべきか？」「基本の50万円で確実にいくべきか？」とお悩みの経営者様は、行政書士オフィス・プラスワンへご相談ください。事業計画と財務状況をもとに、最適な申請戦略をご提案いたします。

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